Mimo godzinnego opóźnienia związanego z awarią komputera, drugi spacer kosmiczny misji STS-104 zakończył się pomyślnie. Mike Gernhardt i Jim Reilly podczas trwającego 6 godzin i 29 minut spaceru podłączyli do śluzy Quest dwa zbiorniki z tlenem i jeden z azotem.
W środę w nocy o godzinie 0:45 naszego czasu główny komputer stacji uległ awarii. Wystąpiły problemy z odczytem danych z dysku, dokładnie tak, jak miało to miejsce podczas dużej awarii systemu komputerowego ISS niecałe trzy miesiące temu (pisaliśmy o tym). Na szczęście dalej wydarzenia potoczyły się mniej groźnie.
Prawidłowe działanie systemu komputerowego było potrzebne do rozpoczęcia drugiego spaceru kosmicznego. Przyłączenie do śluzy Quest zbiorników z tlenem i azotem wymagało wykorzystania kontrolowanego przez system komputerowy stacji ramienia-dźwigu Canadarm2. W ostateczności można było wykorzystać ramię wahadłowca, jednak znacznie skomplikowałoby to operację.
Mimo iż dwa pozostałe komputery działały sprawnie i teoretycznie pozwalały na wykonanie spaceru, dyrekcja lotu zadecydowała o opóźnieniu spaceru o godzinę.
Ostatecznie po resecie dysku wszystkie problemy z podstawowym komputerem zniknęły i spacer został rozpoczęty o godzinie 5:04 18 lipca 2001.
Po zamocowaniu pierwszego zbiornika z tlenem i otwarciu zaworów kontrola lotów nie zarejestrowała spodziewanego wzrostu ciśnienia w przewodach śluzy. Badając problem, polecono pracującym w przestrzeni kosmicznej astronautom zająć się zbiornikiem z azotem. Później okazało się, że przyczyną problemów ze zbiornikiem z tlenem było złe opisanie zaworów. Przyłączenie zbiornika z azotem nie stanowiło problemu.
W trakcie spaceru kontrola lotów zadecydowała o przyłączeniu trzeciego, nie planowanego na ten spacer zbiornika, drugiego zawierającego tlen. Ta ostatnia operacja zakończyła się pomyślnie i spacer został zakończony po 6 godzinach i 29 minutach. Trwał godzinę dłużej niż pierwotnie planowano.